專業研究所專注于產業技術研發、成果轉化、企業孵化等，建立研發、孵化和投資的“三位一體”融合機制；對于引進團隊新建設的專業研究所，實行“多方共建、多元投入、混合所有、團隊為主”的輕資產運營新模式。研發收益歸運營公司所有，增值收益按股權分配。截至目前，江蘇產研院已在先進材料、能源環保、信息技術、制造裝備、生物醫藥等五大領域布局建設了80余家專業研究所，擁有各類研發人員超過10000人。

多家由高校院所舉辦的事業法人專業研究所按新模式主動改制，充分激發創新活力，有效調動科研人員積極性；針對以高校院所研究人員為核心團隊組建的專業研究所，實施兼顧高水平創新研究與高效率技術開發轉移人員聘用管理的“一所兩制”∶有高校運行機制下的研究人員開展高水平創新研究，亦有獨立法人實體聘用的研究人員專職從事二次開發和技術轉移。

對于專業研究所不按傳統的人員編制和項目方式支持經費，而是實施“合同科研”的績效考評，重點考核每個專業研究所向企業市場化提供技術的績效（包括技術轉移、技術投資和技術服務等）來決定財政經費的支持額度，專業研究所技術研發的市場導向明顯增強。